Quận Châu Thành hiện nay bao gồm 2 phần đất nằm trên hai cù lao khác nhau (cù lao Bảo và cù lao An Hóa), ngăn cách bởi sông Ba Lai. Trong lịch sử phát triển, hai vùng đất này từng thuộc những đơn vị hành chính khác nhau.

Năm 1867, sau khi chiếm xong Nam Kỳ, Pháp chia Lục tỉnh thành 25 sở tham biện (inspection). Cù lao Bảo nằm trong sở tham biện Bến Tre, còn cù lao An Hóa nằm trong sở tham biện Kiến Hòa.

Năm 1929, tỉnh Bến Tre được chia làm 4 quận: Châu Thành, Ba Tri nằm trên cù lao Bảo; Mỏ Cày, Thạnh Phú nằm trên cù lao Minh. Quận Châu Thành lúc này bao gồm phần đất phía Nam sông Ba Lai của huyện Châu Thành, thành phố Bến Tre và một phần của huyện Giồng Trôm ngày nay. Còn cù lao An Hóa thuộc về tỉnh Mỹ Tho. Năm 1930, phần đất phía đầu cù lao Bảo nằm giữa sông Ba Lai và sông Hàm Luông được cắt ra, lập thành quận Sóc Sãi gồm 5 tổng, 27 làng.

Về phía cách mạng, sau Đồng khởi (1-1960), tỉnh ủy Bến Tre ra quyết định nhập hai huyện Sóc Sãi và Châu Thành thành huyện Châu Thành (mới). Đến tháng 7 năm 1972, tỉnh ủy lại có quyết định chia đôi huyện Châu Thành (mới) thành 2 huyện Châu Thành Đông và Châu Thành Tây.

Sau ngày 30 tháng 4 năm 1975, hai huyện Châu Thành Đông và Châu Thành Tây nhập lại làm một, lấy tên là huyện Châu Thành, gồm 24 xã: An Hiệp, An Hóa, An Khánh, An Phước, Giao Hòa, Giao Long, Hữu Định, Mỹ Thành, Phú An Hòa, Phú Đức, Phú Hưng, Phú Túc, Phước Thạnh, Qưới Sơn, Qưới Thành, Sơn Đông, Sơn Hòa, Tam Phước, Tân Phú, Tân Thạch, Thành Triệu, Tiên Long, Tiên Thủy, Tường Đa.

Ngày 13 tháng 5 năm 1984, xã Phú Hưng được sáp nhập vào thị xã Bến Tre.

Ngày 14 tháng 4 năm 1985, xã Sơn Đông được sáp nhập vào thị xã Bến Tre.

Huyện Châu Thành gồm 22 xã: Phú An Hòa, Tiên Long, Tiên Thủy, Tân Phú, Quới Thành, An Hiệp, Thành Triệu, Phú Túc, Tường Đa, Sơn Hòa, Phú Đức, Mỹ Thành, Tam Phước, An Khánh, Tân Thạch, Hữu Định, Phước Thạnh, Quới Sơn, An Phước, Giao Long, Giao Hòa, An Hóa.

Ngày 8 tháng 12 năm 1995, tách đất xã Phú An Hòa thành lập thị trấn Châu Thành.

Ngày 5 tháng 4 năm 2013, xã Mỹ Thành được sáp nhập vào thành phố Bến Tre (nay xã Mỹ Thành đã sáp nhập vào xã Bình Phú thuộc thành phố Bến Tre).

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, sáp nhập xã Giao Hòa vào xã Giao Long.[2]

Huyện Châu Thành còn lại 1 thị trấn và 20 xã như hiện nay.